-Sous-genre Phalaenopsis subdivisé en

-Section Phalaenopsis (équivalent à la section Phalaenopsis de Sweet)

P. amabilis, aphrodite, philippinensis, sanderiana, schilleriana, stuartiana

-Section Deliciosae

P. chibae, deliciosa, mysorensis

-Section Esmeralda (équivalent à la section Esmeralda de Rolfe)

P. buyssonniana, pulcherrima, regnieriana

-Section Stauroglottis (équivalent à la section Stauroglottis de Sweet)

P. celebensis, equestris, lindenii
Pommes de discorde (affaires à suivre.....)
     Phalaenopsis inscriptiosinensis pourrait être un hybride (naturel ou non?) de Phalenopsis sumatrana ce qui expliquerait sa grande versatilité.
    
Phalaenopsis doweryënsis se trouverait dans le même cas,mais comme hybride de Phalaenopsis gigantea.
     Phalaenopsis luteola, décrit d'après une photographie, a priori de mauvaise qualité, et d'après une peinture à l'eau du XIXième siècle, ne ferait qu'un avec Phalaenopsis maculata.
    Le distingo entre Phalaenopsis kunstleri et fuscata n'est pas non plus de nature à calmer l'ardeur des botanistes.
 
Evolution possible de la classification grace aux nouvelles méthodes de biologie moléculaire.

   Mise à jour octobre 2004

  Les dernières avancées des techniques d'analyse moléculaires permettent d'envisager différemment la classification du genre Phalaenopsis. Plusieurs équipes étudient ce sujet et les résultats de leurs travaux commencent à être connus. En voici quelques-uns en vrac.
      L'analyse phylogénétique (une classification phylogénétique permet la reconstruction des liens de parentés entre des êtres vivants) des espèces du genre Phalaenopsis à partir des données moléculaires permet de confirmer les travaux de Christenson qui rattache les genre Kingidium et Doritis au genre Phalaenopsis.
     Les sous-genres Aphyllae et Parishianae sont effectivement tous deux des groupes monophylétiques (En systématique, un taxon est monophylétique quand il regroupe exactement un ancêtre et tous ses descendants) et sont apparentés au sous-genre Proboscidioides ainsi qu'aux sections Esmeralda et Deliciosa du sous-genre Phalaenopsis qui présentent le même caractère morphologique d'avoir 4 pollinies aussi bien qu'une biogéographie commune.
     Par contre le sous-genre Phalaenopsis n'est pas monophylétique.

     L'arbre phylogénétique des Phalaenopsis correspond grosso modo à la distribution géographique de genre. Il se divise en deux branches (clade) principales. La première rassemble les espèces qui ont quatre pollinies, incluant ainsi les sections Proboscidiodes, Parishianae, et Esmeralda présents en Chine du sud, en Indes et en Indochine.
     La seconde branche, réunit les espèces ayant 2 pollinies et inclue les sections Phalaenopsis, Polychilos et Fuscatae présentes en Malaisie, en Indonésie et aux Philippines.
     La biogéographie du genre Phalaenopsis correspond à l'histoire géologique de ces régions.
     En accord avec les analyses moléculaires, la biogéographie, l'histoire géologique et la tendance évolutive des orchidées quant au nombre de pollinies il a été possible de déduire l'historique de l'évolution des phalaenopsis.
     La Chine du sud serait le berceau du genre Phalaenopsis avec le sous-genre Aphyllae lui-même à l'origine du genre. De là, les plantes auraient suivi deux chemins de dispersion. Un de ces chemins conduit dans le sud-est asiatique, en particulier aux îles Philippines via l'Indochine et les plus anciennes îles de cet archipel (Mindoro, Palawan) en les utilisant comme tremplin, aboutissant au sous-genre Phalaenopsis.
L'autre chemin conduit à l'Indonésie et à la Malaisie en utilisant la péninsule Malaise comme tremplin et nous mène au sous-genre Polychilos.
     Des données d'analyses moléculaires et des datations géologiques ont été utilisées pour estimer le taux de substitution d'ADN du genre Phalaenopsis en se basant sur la théorie de l'horloge moléculaire.
     Cette 'technique' date de 1965 quand des scientifiques ont comparé la séquence de l'hémoglobine chez plusieurs espèces et ont observé que le nombre de différences en acides aminés dans chaque couple d'espèces est approximativement proportionnel au temps qui les sépare de leur ancêtre commun. Ils ont appelé horloge moléculaire ce phénomène, qui a été ensuite retrouvé sur d'autres protéines. L'horloge moléculaire tend à évincer les autres mesures de distance utilisées jusqu'ici en biologie (par ex. : longueur des pattes, envergure des ailes, contenu en chlorophylle), parce que c'est une variable universelle dont la loi mathématique est facile à écrire sous l'hypothèse neutre.
      En se basant sur les taux de substitution on a pu déterminer que les divergences dans le complexe lueddemanniana ont eu lieu durant le Pléistocène. La section Deliciosae s'est séparée de la section Stauroglottis il y a entre 10 et 21 millions d'années.
     D'autres travaux ont porté plus particulièrement sur trois groupes d'espèces voisines. Le premier groupe constitué de Phalaenopsis. amabilis, P. amabilis subsp. moluccana, P. amabilis subsp. rosenstromii, P. aphrodite, P. aphrodite subsp. formosana, and P. sanderiana. . L'analyse moléculaire permet de distinguer chaque espèce de ce complexe exception faite du Phalaenopsis aphrodite et de sa sous espèce.
     Les Phalaenopsis aphrodite de différentes origines et leur sous-espèces ne peuvent pas être séparées entre eux mais sont différents des autres plantes étudiées
     Phalaenopsis sanderiana est très proche de Phalaenopsis amabilis et de ses sous espèces et pourrais être assimilé à ce groupe.
     Phalaenopsis aphrodite serait à l'origine de ce groupe car Phalaenopsis sanderiana et amabilis en seraient les descendants. Deux évolutions distinctes mais parallèles auraient été possibles. Premièrement, depuis Palawan Phal. aphrodite aurait évolué en Phal. amabilis qui se serait dispersé à Bornéo et à Sumatra. Deuxièmement Phal. aphrodite dispersé dans le sud de Mindanao aurait évolué en Phal. sanderiana qui se serait dispersé aux Sulawesi et en nouvelle guinée en donnant respectivement Phal. amabilis subsp. moluccana et Phal. amabilis subsp. rosenstromii.

     Le second groupe comprend les Phalaenopsis sumatrana, corningiana ainsi qu'une espèce non reconnue par Sweet ni par Christenson, mais acceptée dans la dernière liste éditée par Kew, a savoir Phalaenopsis zebrina. Si l'on se réfère aux résultats des l'analyses, Phal. sumatrana ne peut être séparé de Phal. corningiana et, en outre, Phal. zebrina doit être considéré comme une espèce à part entière à l'origine des deux autres.

     Le troisième groupe étudié comprend les Phalaenopsis violacea et bellina. D'après les résultats Phalaenopsis bellina ne pourrait pas être séparé de Phal. violacea sauf à considérer la population de Phal violacea de l'île de Mentawai (Indonésie). Cette population a déjà été décrite comme étant un " super " Phal. violacea avec des coloris plus brillants, une taille presque égale à celle de Phal. bellina mais aussi une hampe florale de 50 cm de long ce qui est tout à fait inhabituel pour ces espèces. Ces plantes pourraient éventuellement être élevées au rang d'espèce. Les plantes de Mentawai descendraient des Phal. violacea de Sumatra et de la péninsule Malaise.

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